ในปัจจุบัน สถานีขนส่งแห่งนี้ไม่เหลือร่องรอยอาคารและตัวสถานีให้เห็นแล้ว แต่ยังมีกำแพงของสถานีขนส่งที่คงอยู่ พื้นที่ส่วนหนึ่งใช้เป็นที่จอดรถสำหรับผู้ที่มาใช้บริการรถไฟฟ้าบีทีเอสสถานีหมอชิต และรถไฟฟ้ามหานครสถานีสวนจตุจักร และอีกส่วนหนึ่งเป็นศูนย์ซ่อมบำรุงใหญ่หมอชิต ของรถไฟฟ้าบีทีเอสด้วย

อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2560 ที่ประชุมโครงการก่อสร้างสถานีกลางบางซื่อได้มีมติให้ บริษัท ขนส่ง จำกัด ย้าย สถานีขนส่งผู้โดยสารกรุงเทพ (จตุจักร) กลับสู่ที่ตั้งเดิม [7] โดยให้สร้างต่อไปจากชั้นดาดฟ้าของศูนย์ซ่อมบำรุงใหญ่หมอชิต และให้สร้างสะพานลอยเข้าสู่สถานีกลางบางซื่อเพื่อให้รถสามารถเข้ามารับผู้โดยสารที่สถานีกลางได้ ทั้งนี้สาเหตุมาจากที่การรถไฟแห่งประเทศไทยมีความจำเป็นต้องใช้พื้นที่ในการก่อสร้างสถานีกลางบางซื่อเพิ่มเติม ซึ่งแต่เดิม บริษัท ขนส่ง จำกัด มีแผนย้ายสถานีขนส่งไปยังที่ตั้งใหม่ในพื้นที่ของ บริษัท เซ็นทรัลพัฒนา จำกัด (มหาชน) แต่เนื่องมาจากปัญหาที่บริเวณดังกล่าวยังไม่มีการปรับสีผังเมืองที่อนุญาตให้ก่อสร้างพื้นที่ค้าปลีกได้ ที่ประชุมจึงมีมติหาทางออกร่วมกันก่อนได้ข้อสรุปว่าให้ย้ายกลับไปยังที่ตั้งเดิม